o tracto gastrointestinal (GI) é a residência de triliões de microrganismos que incluem bactérias, archaea, fungos e vírus. Os genomas coletivos de comunidades microbianas inteiras (microbiota) integram o microbioma intestinal. Até 100 gêneros e 1000 espécies bacterianas distintas foram identificadas em nichos de tubo digestivo. Os microbiomas intestinais exercem funções fundamentais permanentes, promovendo a digestão alimentar, o metabolismo xenobiótico e a regulação dos processos imunológicos inatos e adaptativos., As proteínas, peptídeos e metabolitos libertados localmente e em locais distantes desencadeiam muitas vias e sinalizações celulares. Este crosstalk intenso mantém a homeostase Hospedeira-microbiana. Dieta, idade, dieta, estresse e doenças causam aumentos ou diminuições na abundância relativa e diversidade de espécies bacterianas de GI e outros locais do corpo., Estudos em modelos animais e humanos têm mostrado que um desequilíbrio persistente da comunidade microbiana do intestino, chamada disbiose, está relacionado com doenças inflamatórias intestinais (IBD), síndrome do intestino irritável (IBS), diabetes, obesidade, câncer, doenças cardiovasculares e do sistema nervoso central. Notavelmente comunidades bacterianas específicas são alvo clínico promissor para o tratamento de doenças inflamatórias e infecciosas. Neste contexto, a transplantação intestinal de microbiota (IMT) é um tratamento opcional para a IBD, em particular para doentes com colite pseudo-membrana induzida por Clostridium difficile recorrente., Aqui discutimos as recentes descobertas que ligam a disbiose do microbioma intestinal inteiro a doenças metabólicas e inflamatórias e potenciais aplicações profilácticas e terapêuticas da terapia fecal e fagal, dietas probióticas e prébióticas.