el tracto gastrointestinal (GI) es la residencia de billones de microorganismos que incluyen bacterias, arqueas, hongos y virus. Los genomas colectivos de comunidades microbianas enteras (microbiota) integran el microbioma intestinal. Se identificaron hasta 100 géneros y 1000 especies bacterianas distintas en nichos de tubo digestivo. Los microbiomas intestinales ejercen funciones fundamentales permanentes al promover la digestión de los alimentos, el metabolismo xenobiótico y la regulación de los procesos inmunológicos innatos y adaptativos., Las proteínas, péptidos y metabolitos liberados localmente y en sitios distantes activan muchas vías y señales celulares. Esta intensa diafonía mantiene la homeostasis microbiana del huésped. La dieta, la edad, la dieta, el estrés y las enfermedades causan aumentos o disminuciones en la abundancia relativa y la diversidad de especies bacterianas de GI y otros sitios del cuerpo., Estudios en modelos animales y humanos han demostrado que un desequilibrio persistente de la comunidad microbiana del intestino, llamado disbiosis, se relaciona con enfermedades inflamatorias intestinales (EII), síndrome del intestino irritable (SII), diabetes, obesidad, cáncer, trastornos cardiovasculares y del sistema nervioso central. En particular, las comunidades bacterianas específicas son un objetivo clínico prometedor para tratar las enfermedades inflamatorias e infecciosas. En este contexto, el trasplante de microbiota intestinal (TMI) es un tratamiento opcional para la EII, en particular para pacientes con colitis pseudomembrana inducida por Clostridium difficile recurrente., Aquí discutimos sobre los descubrimientos recientes que vinculan la disbiosis del microbioma intestinal completo con las enfermedades metabólicas e inflamatorias y las posibles aplicaciones profilácticas y terapéuticas de la terapia fecal y fágica, las dietas probióticas y prebióticas.