Le tractus gastro-intestinal (GI) est la résidence de milliers de milliards de micro-organismes qui comprennent des bactéries, des archées, des champignons et des virus. Les génomes collectifs de communautés microbiennes entières (microbiote) intègrent le microbiome intestinal. Jusqu’à 100 genres et 1000 espèces bactériennes distinctes ont été identifiés dans les niches des tubes digestifs. Les microbiomes intestinaux exercent des fonctions pivotantes permanentes en favorisant la digestion des aliments, le métabolisme xénobiotique et la régulation des processus immunologiques innés et adaptatifs., Les protéines, les peptides et les métabolites libérés localement et à des sites éloignés déclenchent de nombreuses voies de signalisation et de signalisation cellulaires. Cette diaphonie intense maintient l’homéostasie hôte-microbienne. L’alimentation, l’âge, l’alimentation, le stress et les maladies provoquent des augmentations ou des diminutions de l’abondance relative et de la diversité des espèces bactériennes des IG et d’autres sites du corps., Des études sur des modèles animaux et des humains ont montré qu’un déséquilibre persistant de la communauté microbienne intestinale, appelé dysbiose, est lié aux maladies inflammatoires de l’intestin (MICI), au syndrome du côlon irritable (SCI), au diabète, à l’obésité, au cancer, aux troubles cardiovasculaires et du système nerveux central. Notamment des communautés bactériennes spécifiques sont des cibles cliniques prometteuses pour traiter les maladies inflammatoires et infectieuses. Dans ce contexte, la transplantation de microbiote intestinal (TMI) est un traitement facultatif pour les MICI, en particulier chez les patients atteints de colite pseudo-membranaire induite par Clostridium difficile., Nous discutons ici des découvertes récentes reliant la dysbiose du microbiome intestinal entier aux maladies métaboliques et inflammatoires et aux applications prophylactiques et thérapeutiques potentielles de la thérapie fécale et phagique, des régimes probiotiques et prébiotiques.