Il tratto gastrointestinale (GI) è la residenza di trilioni di microrganismi che includono batteri, archaea, funghi e virus. I genomi collettivi di intere comunità microbiche (microbiota) integrano il microbioma intestinale. Fino a 100 generi e 1000 specie batteriche distinte sono state identificate nelle nicchie del tubo digerente. I microbiomi intestinali esercitano funzioni cardine permanenti promuovendo la digestione degli alimenti, il metabolismo xenobiotico e la regolazione dei processi immunologici innati e adattativi., Proteine, peptidi e metaboliti rilasciati localmente e in siti distanti innescano molti segnali e percorsi cellulari. Questa intensa diafonia mantiene l’omeostasi ospite-microbica. Dieta, età, dieta, stress e malattie causano aumenti o diminuzioni di abbondanza relativa e diversità specie batterica di GI e altri siti del corpo., Studi su modelli animali e umani hanno dimostrato che uno squilibrio persistente della comunità microbica dell’intestino, chiamato disbiosi, si riferisce a malattie infiammatorie intestinali (IBD), sindrome dell’intestino irritabile (IBS), diabete, obesità, cancro, disturbi cardiovascolari e del sistema nervoso centrale. In particolare specifiche comunità batteriche sono promettenti bersaglio clinico per il trattamento di malattie infiammatorie e infettive. In questo contesto, il trapianto di microbiota intestinale (IMT) è un trattamento opzionale per IBD, in particolare per i pazienti con colite pseudo-membrana indotta da clostridium difficile ricorrente., Qui discutiamo sulle recenti scoperte che collegano la disbiosi del microbioma intestinale intero alle malattie metaboliche e infiammatorie e alle potenziali applicazioni profilattiche e terapeutiche della terapia fecale e dei fagi, delle diete probiotiche e prebiotiche.