Der Magen-Darm-Trakt (GI) ist die Residenz von Billionen von Mikroorganismen, zu denen Bakterien, Archaeen, Pilze und Viren gehören. Die kollektiven Genome ganzer mikrobieller Gemeinschaften (Mikrobiota) integrieren das Darmmikrobiom. In Verdauungsrohrnischen wurden bis zu 100 Gattungen und 1000 verschiedene Bakterienarten identifiziert. Darmmikrobiome üben permanente Schlüsselfunktionen aus, indem sie die Verdauung von Nahrungsmitteln, den xenobiotischen Stoffwechsel und die Regulierung angeborener und adaptiver immunologischer Prozesse fördern., Proteine, Peptide und Metaboliten, die lokal und an entfernten Stellen freigesetzt werden, lösen viele Zellsignale und Signalwege aus. Dieser intensive Übersprechen hält die host-mikrobielle Homöostase. Ernährung, Alter, Ernährung, Stress und Krankheiten verursachen eine Zunahme oder Abnahme der relativen Häufigkeit und Vielfalt bakterielle Spezies von GI und anderen Körperstellen., Studien an Tiermodellen und Menschen haben gezeigt, dass ein anhaltendes Ungleichgewicht der mikrobiellen Darmgemeinschaft, Dysbiose genannt, auf entzündliche Darmerkrankungen (IBD), Reizdarmsyndrom (IBS), Diabetes, Fettleibigkeit, Krebs, Herz-Kreislauf-und Erkrankungen des Zentralnervensystems zurückzuführen ist. Insbesondere spezifische Bakteriengemeinschaften sind vielversprechende klinische Ziele zur Behandlung entzündlicher und infektiöser Erkrankungen. In diesem Zusammenhang ist die intestinale Mikrobiota-Transplantation (IMT) eine optionale Behandlung für IBD, insbesondere für Patienten mit rezidivierender Clostridium difficile-induzierter Pseudo-Membran-Kolitis., Hier diskutieren wir über neuere Entdeckungen, die Dysbiose des gesamten Darms mit metabolischen und entzündlichen Erkrankungen und möglichen prophylaktischen und therapeutischen Anwendungen der fäkalen und Phagen-Therapie, probiotischen und präbiotischen Diäten verbinden.