Prezentare:
Microbii sunt prea mici pentru a fi văzute cu ochiul liber; ele pot supraviețui în condițiile în care mulți ar crede că se poate trăi ca mediu anaerob în rumen de vaci, izvoare calde, și reci, apele Antarcticii (Ce sunt microbii, 2010). Milioane de microbi trăiesc atât în corpul uman, cât și în corpul uman și ne pot ajuta să supraviețuim sau să ne îmbolnăvim, mai puțin de 1% din bacterii provoacă boli (ce sunt microbii, 2010).,
microbiomul cavității nazale constă în principal din phyla Actinobacterii, Firmicute și proteobacterii (Bassis et al. 2014). Microbiomul cavității nazale se poate schimba, de asemenea, ca răspuns la factorii de mediu, cum ar fi locația geografică și igiena (Rawis et al. 2019).Micrococcus luteus se găsește în multe locuri, inclusiv piele, sol, praf, apă, aer, gură, mucoase, orofaringe și tractul respirator superior al oamenilor (Wikipedia, Micrococcus luteus, 2019). Este un microb gram pozitiv, în formă de coccus și conține catalază. Acest microb formează colonii mari, rotunde., Acesta poate fi ușor fi confundat cu stafilococi, deoarece acestea sunt foarte asemănătoare morfologic și fiziologic (Wikipedia, Staphlyococcus Aureus).scopul meu în acest experiment a fost să izolez, să caracterizez și să identific o colonie bacteriană care a apărut dintr-o probă prelevată din nasul colegului meu de cameră. Am emis ipoteza că ar fi o bacterie care se găsește frecvent în cavitățile nazale și probabil din phyla menționată mai sus, așa că ar face cel mai bine să trăiască într-un mediu aerobic, umed și cald.
metode:
am ales să probez bacterii din interiorul nasului colegului meu de cameră., Pentru a proba, am folosit tampoane sterile de bumbac și le-am strecurat pe plăcile TSA. Am păstrat placa la temperatura camerei timp de 7 zile, apoi am selectat o colonie pentru a purifica folosind metoda plăcii de cultură pură. Am repetat acest proces încă de trei ori pentru a purifica în continuare Colonia. Odată ce cultura a fost considerată suficient de pură, am inoculat un tub înclinat.am efectuat multe teste pentru a afla morfologia și fiziologia coloniei., Pentru a determina caracteristicile fiziologice ale culturii, cum ar fi forma celulei, aranjamentul și dacă a fost gram pozitiv sau negativ, ceea ce ajută la determinarea tipului de perete celular al microbului, am efectuat o pată gram. Am folosit o bandă de testare a oxidazei și apă pentru a determina dacă citocromul c oxidază a fost prezent și am efectuat un test de catalază pentru a determina dacă catalaza a fost prezentă. De asemenea, am făcut un test de tioglicolat fluid pentru a determina clasa de oxigen a bacteriilor., Mi-am crescut bacteriile pe o placă de eozină albastru de metilen (EMB) pentru a vedea dacă ar putea fermenta lactoza și dacă ar putea crește cu albastru de metilen care selectează bacteriile gram negative. De asemenea, am crescut-o într-o placă MacConkey (MAC) pentru a vedea dacă ar putea fermenta lactoza și dacă ar putea crește atât cu cristal violet, cât și cu săruri biliare pentru a confirma în continuare dacă este gram negativ sau pozitiv. Am folosit un test API Strep pentru a determina mai multe zaharuri pe care bacteriile le-ar putea fermenta.
mi-am crescut izolat în bulion de soia triptic (TSB) timp de o săptămână pentru a mă pregăti pentru extracția ADN-ului., Am extras ADN-ul folosind setul de ADN PowerSoil (fabricat de Qiagen) urmând instrucțiunile producătorului. Eșantionul a fost apoi secvențiat folosind tehnologia Illumina MiSeq în laboratorul de bază ADN al UAF. Am folosit software-ul PATRIC pentru a efectua o binning metagenome și pentru a atribui o taxonomie bacteriilor.
rezultate:
colonia a avut nevoie de 16 zile pentru a fi purificată. Pata gram a acestui microb a arătat că este gram pozitiv, deoarece a pătat purpuriu. Acest microb este în formă de coccus și se formează în tetrade. Colonia se formează ca o pată rotundă galbenă, strălucitoare., Testele catalazei și oxidazei au ieșit negative, deoarece testul catalazei nu a format bule, iar testul oxidazei nu a văzut o schimbare de culoare. Testele de testare a oxidazei pentru a vedea dacă microbul conține citocrom C oxidază. Testele de testare catalază pentru a vedea dacă microbul conține catalază. Testul tioglicalat fluid a arătat că bacteria a fost un aerob obligatoriu, deoarece creșterea a fost concentrată în partea superioară a tubului în regiunea roz. Agarul MacConkey a arătat o creștere foarte mică și nu a avut o schimbare de culoare, ceea ce indică faptul că microbul a fost gram pozitiv și nu un fermentator., Agarul EMB nu a prezentat nicio creștere sau schimbare a culorii, indicând, de asemenea, că microbul a fost gram pozitiv și un non-fermentator.atribuirea taxonomică a acestui microb a fost micrococcus luteus, deoarece a fost singurul coș pe care PATRIC La dat. Avea 27.372 de contigs în adunare. Are mai multe gene de rezistență la antibiotice, inclusiv dihidropteroat sintază, glicerofosforil diester fosfodiesterază și proteine ribozomale SSU.
Figura 1. Diagrama Krona a microbului prezintă clase bacteriene considerate a fi prezente în eșantion.
Figura 2., Kaiju webserver metagenome binning analiza diagramă. Aceasta arată că eșantionul conține bacterii din grupul de Terrabacterii. Este cea mai mare parte Actinobacterii, dar unele proteobacterii și Firmicules sunt în eșantion, de asemenea.binning-ul metagenomului kaiju arată că proba de microb nu este complet pură (Figura 2). Aceasta arată că este cea mai mare parte Actinobacterii, cu unele firmicule ,și proteobacterii amestecate în (Figura 2). Aceasta se potrivește cu binning METAGENOME PATRIC, care a arătat, de asemenea, unele impurități (Figura 1).,deoarece microbul este gram pozitiv, aceasta înseamnă că are un strat peptidoglican mare și nu are un strat lipopolizaharidic. Agarul MacConkey este selectiv pentru gram-negativ, motiv pentru care microbul meu nu a arătat prea multă creștere pe el și, pentru că nu a schimbat culorile, înseamnă că nu a fermentat lactoza. Placa EMB este, de asemenea, selectivă pentru bacteriile gram-negative, care este probabil motivul pentru care bacteriile nu au crescut pe ea. Clasa de oxigen a microbului, obligate aerobe, se potrivește cu predicțiile pe care le-am făcut despre asta, deoarece bacteria a fost inițial provenită dintr-o nară., Wikipedia mai spune că Micrococcus luteus este un aerob obligatoriu, susținând ceea ce arată rezultatele mele (2019).rezultatele testului de oxidază sugerează că microbul nu conține oxidază, în ciuda a ceea ce a arătat testul de binning metagenom. Testul catalazei a indicat, de asemenea, că microbul nu are catalază, în ciuda testului de binning metagenomic care sugerează acest lucru. Aceste discrepanțe s-ar putea datora erorii umane, culturii nepure sau unei plăci vechi de agar., Lipsa de rezultate a benzilor de testare API sugerează că am folosit banda de testare greșită, probabil că trebuia să folosesc testul stafilococic în loc de testul Strep, deoarece testul Strep este pentru absența catalazei, dar ar fi putut fi prezentă catalaza. Rezultatele conflictuale ale binning metagenome și testul catalazei au influențat această greșeală. Cred că pe baza tuturor acestor informații, că microbul meu este de fapt micrococcus luteus așa cum a sugerat testul PATRIC metagenome binning și coroana (Figura 1).în concluzie, unele dintre rezultatele mele au fost neconcludente și contradictorii., Acest lucru este probabil fie o cauză a erorii umane, a culturilor nepure, fie a utilizării plăcilor de agar care sunt suficient de proaspete pentru test. Cred că această cultură a fost cea mai mare parte Micrococcus luteus bazat pe rezultatele Kaiju și metagenome binning. Clasa de oxigen și gram pozitivitatea microbului se potrivesc, de asemenea, cu cea a Micrococcus luteus. În lucrările viitoare cu acest microb, probabil că aș vrea să purific mai mult cultura și să refac testele.
Bassis CM, AL Tang, VB Young, and MA Pynnonen (2014). Microbiota cavității nazale a adulților sănătoși. Microbiom 2 (27).,
Rawis M, and AK Ellis (2019). Microbiomul nasului. Analele alergiei, astmului și Imunologiei 122(1):17-24.(2010) ce sunt microbii? Institutul pentru calitate și eficiență în îngrijirea sănătății.