detta avsnitt av avsnittet Namn och taxonomi innehåller en uttömmande lista över alla namn på proteinet, från vanligt förekommande till föråldrade, för att möjliggöra entydig identifiering av ett protein.
detta underavsnitt innehåller även information om proteinets aktivitet, t.ex. en exakt beskrivning av enzymens katalytiska mekanism, eller information om enskilda proteinkedjor eller funktionella domäner som finns i den, om det är relevant.,
UniProtKB/Swiss-Prot ”protein names” underavsnitt
underavsnittet består av 2 kategorier och flera underkategorier av proteinnamn och förkortningar. Det börjar alltid med det ”rekommenderade namnet” (”RecName” i den platta textfilen). Alternativa namn listas under rubriken ”alternativa namn” (”AltName” i den platta textfilen).
| Kategorifält | underkategori | kardinalitet | beskrivning |
|---|---|---|---|
| rekommenderat namn | 1 | Fullständigt namn som rekommenderas av UniProt-konsortiet., | |
| Short name(s) | 0-n | Abbreviation of the full name or acronym. | |
| EC | 0-n | Enzyme Commission number. | |
| Alternative name(s) | 0-n | Synonym of the recommended name (full name). | |
| Short name(s) | 0-n | Abbreviation of the full name or an acronym. | |
| EC | 0-n | Enzyme Commission number., | |
| Alternative name(s) | Allergen | 0-1 | See Allergen nomenclature and list of entries. |
| Alternative name(s) | Biotech | 0-1 | Name used in a biotechnological context. |
| Alternative name(s) | CD_antigen | 0-n | See Human cell differentiation molecules nomenclature and list of entries., |
| alternativt namn | INN | 0-n | Internationellt generiskt namn: ett generiskt namn för en farmaceutisk substans eller aktiv farmaceutisk ingrediens som är en globalt erkänd allmän egendom. |
om ett protein är känt för att klyvas till flera funktionella komponenter, börjar beskrivningen med namnet på prekursorproteinet, följt av ” klyvas in …”avsnitt(er). Varje komponent beskrivs i ett separat avsnitt. ”Alternativa namn” är tillåtna för varje enskild komponent.,
exempel: P01189 (”klyvs i följande 11 kedjor:”)
om ett protein är känt för att innehålla flera funktionella domäner, som var och en beskrivs med ett annat namn, börjar beskrivningen med namnet på hela proteinet, följt av ”inklusive” avsnitt(er). Varje domän beskrivs i ett separat avsnitt. ”Alternativa namn” är tillåtna för varje enskild domän.,
exempel: P27708 (’inklusive följande 3 domäner:’)
UniProtKB/TrEMBL’ protein names ’underavsnitt
formatet för avsnittet ”protein names” i UniProtKB/TrEMBL följer noggrant det format som används i UniProtKB/Swiss-Prot. Eftersom UniProtKB/TrEMBL inte kommenteras manuellt importeras beskrivningen direkt från den underliggande nukleotidinmatningen och dess noggrannhet bygger på den information som lämnats av inlämnaren av nukleotidinmatningen. Därför har uniprotkb / TrEMBL-poster vanligtvis ”inskickat namn” (”undernamn” i den platta textfilen) istället för ”rekommenderat namn”., Det kan finnas mer än ett ”inlämnat namn”. ”Inlämnade namn” kan senare förbättras genom automatiska anteckningar (etiketten ändras sedan från ”undernamn” till ”RecName”), men om inte, förblir det som tillhandahålls av inlämnaren tills posten manuellt kommenteras och integreras till UniProtKB/Swiss-Prot.