den 16 oktober 1859 ledde John Brown arton män-tretton vita och fem svarta-till Harpers Ferry, Virginia. Tre andra medlemmar av hans kraft bildade en bakvakt på en närliggande Maryland gård. En veteran av de våldsamma kamperna mellan pro – och antislaveristyrkor i Kansas, Brown avsåg att provocera fram ett allmänt uppror av afroamerikaner som skulle leda till ett krig mot slaveri. Raiders grep de federala byggnaderna och klippte telegrafkablarna., Brown och hans män väntade sig att lokala slavar skulle ansluta sig till dem, medan stadsborna omringade byggnaden. Raiders och civila utbytte skottlossning, och åtta av Browns män dödades eller tillfångatogs. Vid gryningen den 18 oktober stormade amerikanska marinsoldater under ledning av överste Robert E. Lee Browns position i Arsenals motorhus och fångade eller dödade större delen av sin styrka. Fem av konspiratörerna, inklusive Browns son Owen, flydde till säkerhet i Kanada och norr., John Brown dömdes för landsförräderi mot Virginia för mord och för att ha konspirerat med slavar för att göra uppror. Den 2 November dömde en jury honom och dömde honom till döden. Brown accepterade lätt meningen och förklarade att han hade agerat i enlighet med Guds bud. Som svar på ihållande rykten och skriftliga hot, kallade Henry A. Wise, guvernör i Virginia, ut Statliga milisföretag för att skydda sig mot en eventuell räddning av Brown och hans anhängare., Den 2 December 1859 hängdes Brown i Charles Town.
Harpers Ferry raid bekräftade för många sydstatare förekomsten av en utbredd nordlig tomt mot slaveri. Faktum är att Brown hade samlat in pengar för sin raid från norra abolitionister. För att beväpna slavarna beställde han tusen pikes från en Connecticut manufactory. Brev till guvernör Wise förrådde de blandade känslor som människor höll för Brown. För vissa var han helt enkelt galen och borde inte hängas., För andra var han en martyr för orsaken till avskaffandet, och hans snabba rättegång och utförande återspeglade rädslan och arrogansen hos Virginias slavägare. Många nordbor fördömde Browns handlingar men trodde honom rätt i sin övertygelse om att slaveriet var tvungen att sluta. Brown ’ s raid på Harpers Ferry och hans avrättning ytterligare polariserade Nord och syd och gjorde en resolution av slaveriet frågan centrum för nationell debatt.