16 października 1859 John Brown poprowadził osiemnastu mężczyzn-trzynastu białych i pięciu czarnych-do Harpers Ferry w Wirginii. Trzech innych członków jego sił utworzyło Straż tylną na pobliskiej farmie Maryland. Weteran brutalnych walk między siłami pro-i antyslawistycznymi w Kansas, Brown zamierzał sprowokować powszechne powstanie Afroamerykanów, które doprowadziłoby do wojny z niewolnictwem. Najeźdźcy zajęli budynki federalne i przecięli przewody telegraficzne., Spodziewając się przyłączenia do nich lokalnych niewolników, Brown i jego ludzie czekali w zbrojowni, podczas gdy mieszczanie otaczali budynek. Najeźdźcy i cywile wymienili strzały, a ośmiu ludzi Browna zostało zabitych lub wziętych do niewoli. Przed świtem 18 października Marines pod dowództwem pułkownika Breveta Roberta E. Lee zaatakowali pozycję Browna w maszynowni Arsenalu i zdobyli lub zabili większość jego sił. Pięciu spiskowców, w tym syn Browna, Owen, uciekło w bezpieczne miejsce w Kanadzie i na północy., Ciężko ranny i przewieziony do więzienia w Charles Town w stanie Wirginia, John Brown stanął przed sądem za zdradę stanu, morderstwo i spiskowanie z niewolnikami w celu buntu. 2 listopada sąd skazał go na karę śmierci. Brown chętnie przyjął wyrok i oświadczył, że postępował zgodnie z Bożymi przykazaniami. Odpowiadając na uporczywe pogłoski i pisemne groźby, gubernator Wirginii Henry A. Wise wezwał stanowe kompanie milicyjne, aby strzec się przed ewentualnym ratowaniem Browna i jego zwolenników., 2 grudnia 1859 roku Brown został powieszony w Charles Town.

najazd Harpers Ferry potwierdził dla wielu Południowców istnienie powszechnego północnego spisku przeciwko niewolnictwu. W rzeczywistości Brown zebrał fundusze na swój nalot od północnych abolicjonistów. Aby uzbroić niewolników, zamówił tysiąc pików z Manufaktury w Connecticut. Listy do gubernatora Wise zdradziły mieszane uczucia, jakie ludzie żywili do Browna. Dla niektórych był po prostu szalony i nie powinien być powieszony., Dla innych był męczennikiem dla sprawy abolicji, a jego szybki proces i egzekucja odzwierciedlały strach i arogancję właścicieli niewolników Wirginii. Wielu mieszkańców północy potępiło działania Browna, ale uważało go za słusznego w przekonaniu, że niewolnictwo musi się skończyć. Nalot Browna na Harpers Ferry i jego egzekucja jeszcze bardziej spolaryzowały północ i południe i uczyniły rozwiązanie kwestii niewolnictwa centrum debaty Narodowej.