jako główna siła w kształtowaniu rozwoju Ruchu Praw Obywatelskich w Ameryce, Ella Baker była premierową organizatorką za kulisami, współzałożycielką Southern Christian Leadership Conference (SCLC) kierowanej przez Martina Luthera Kinga, Jr., i inspirującą siłą stojącą za utworzeniem Studenckiego Komitetu Koordynacyjnego bez przemocy (SNCC).
Baker w 1938 roku rozpoczęła swoją wieloletnią współpracę z Krajowym Stowarzyszeniem na Rzecz Rozwoju kolorowych ludzi., Została zatrudniona w 1940 i podróżowała szeroko zbierając pieniądze i organizując lokalne oddziały. Pod koniec lat 50. pomogła stworzyć SCLC do walki z rasizmem; w jej roli dyrektora wykonawczego (w przeciwieństwie do głównej roli rzecznika Kinga).
gdy studenci – czarno – biali-zaangażowali się w ruch, Baker poparł ideę organizacji studenckiej i zachęcał młodych ludzi do założenia SNCC. SNCC zorganizowało wiele udanych wyborów rejestracyjnych i innych działań., Baker był także doradcą przy tworzeniu Mississippi Democratic Freedom Party (MDFP), stworzonej w celu pomocy w obaleniu delegatury all-white Democratic Party na konwencje partyjne.