w całym pochodzeniu gatunków Darwin kontrastuje swoją teorię doboru naturalnego z teorią, że Bóg niezależnie stworzył każdy gatunek. To sprawia wrażenie, jakby pochodzenie oferowało naukową alternatywę dla światopoglądu teologicznego. Kilka miesięcy po pojawieniu się Źródła wybitny anatom Richard Owen opublikował jednak recenzję, która wskazywała na teologiczne założenia teorii Darwina., Owen pracował w tradycji racjonalnej morfologii, w ramach której można by sugerować, że ewolucja zachodzi w procesach, które są ciągłe z tymi, przez które powstaje życie z materii; w przeciwieństwie do tego, Darwin oparł swój opis pochodzenia życia na przekonaniu, że Bóg stworzył jedną lub kilka form życia, na których może działać dobór naturalny., Owen twierdził, że poleganie Darwina na Bogu w wyjaśnianiu początków życia sprawia, że jego wersja ewolucji jest nie mniej nadprzyrodzona niż specjalny kreacjonista, którego krytykuje Darwin: chociaż Darwin ogranicza Boga do jednego lub kilku aktów stworzenia, wciąż opiera się na Bogu, aby wyjaśnić istnienie życia.