Arkeologer tyder på at området rundt innsjøen er en av de tidligste kjente områder av menneskelig bosetting i staten Minnesota. Rum Elven renner fra Innsjøen Mille Lacs i Mississippi-Elven i sør i dag er Anoka.
På tidlig fransk kart, innsjøen ble også identifisert som Lac Buade eller Minsisaugaigun. På en 1733 kart av Henry Popple, Mille Lacs Lake er vist som «Lake Miſsiſsucaigan eller Baude». Så sent som i 1843, og det ble referert til som «Mini Sagaigonin eller Mille Lacs» på Usa offentlige kart.,
innsjøen er kjent i Dakota som Bdé Wakháŋ (Åndelig/Mystic Lake). Den Mdewakanton gruppe av Santee Sioux identifisert av sin beliggenhet, rundt innsjøen. I Ojibwe, innsjøen er kjent som Misi-zaaga’igan megwe Midaaswaakogamaakaan (Grand/Stor/Stor Innsjø i Regionen Tusen Sjøer), eller rett og slett som Misi-zaaga’igan (Grand Lake), som er den største innsjøen i Brainerd Lakes-Området. Likeledes er det franske navnet på sjøen som «Mille Lacs Lake» (Lac des Mille Lacs), som Brainerd Lakes-Området ble kalt «Region of Tusen Innsjøer» (Betaler des Mille Lacs).,
Områdene rundt innsjøen er beskyttet og tilgjengelig for publikum i nasjonalparker: Far Hennepin State Park (nasjonalpark) og Mille Lacs Kathio State Park. Deler av Mille Lacs Indisk Reservasjoner, på føderalt anerkjente Mille Lacs Ojibwe, grensen innsjøen.
I 2013, en forblåst vegg av is, kalles en is skubbe, flyttet av innsjøen og skadet hus på innsjøen.