Am 16.Oktober 1859 führte John Brown achtzehn Männer-dreizehn Weiße und fünf Schwarze-nach Harpers Ferry, Virginia. Drei weitere Mitglieder seiner Truppe bildeten eine Nachhut auf einer nahe gelegenen Farm in Maryland. Brown, ein Veteran der gewaltsamen Kämpfe zwischen pro-und antislaverischen Kräften in Kansas, wollte einen allgemeinen Aufstand der Afroamerikaner provozieren, der zu einem Krieg gegen die Sklaverei führen würde. Die Angreifer beschlagnahmten die Bundesgebäude und durchschnitten die Telegrafendrähte., In Erwartung lokaler Sklaven warteten Brown und seine Männer in der Waffenkammer, während die Stadtbewohner das Gebäude umzingelten. Die Angreifer und die Zivilisten tauschten Schüsse aus, und acht von Browns Männern wurden getötet oder gefangen genommen. Oktober stürmten US-Marines unter dem Kommando von Brevet-Oberst Robert E. Lee Browns Position im Enginehouse des Arsenals und eroberten oder töteten den größten Teil seiner Streitkräfte. Fünf der Verschwörer, darunter Browns Sohn Owen, flohen in Kanada und im Norden in Sicherheit., John Brown wurde schwer verwundet und in das Gefängnis in Charles Town, Virginia, gebracht und stand wegen Hochverrats gegen das Commonwealth of Virginia, wegen Mordes und Verschwörung mit Sklaven zum Rebellieren vor Gericht. Am 2. November verurteilte ihn eine Jury zum Tode. Brown akzeptierte das Urteil ohne Weiteres und erklärte, dass er gemäß Gottes Geboten gehandelt habe. Henry A. Wise, Gouverneur von Virginia, reagierte auf anhaltende Gerüchte und schriftliche Drohungen und rief staatliche Milizunternehmen auf, sich vor einer möglichen Rettung von Brown und seinen Anhängern zu schützen., Dezember 1859 wurde Brown in Charles Town erhängt.
Der Harpers Ferry Raid bestätigte für viele Südländer die Existenz einer weit verbreiteten nördlichen Verschwörung gegen die Sklaverei. Eigentlich, Brown hatte Mittel für seine Razzia von nördlichen Abolitionisten gesammelt. Um die Sklaven zu bewaffnen, bestellte er tausend Hechte aus einer Manufaktur in Connecticut. Briefe an Gouverneur Wise verrieten die gemischten Gefühle, die Menschen für Brown hielten. Für einige war er einfach verrückt und sollte nicht gehängt werden., Für andere war er ein Märtyrer für die Sache der Abschaffung, und sein schneller Prozess und seine schnelle Hinrichtung spiegelten die Angst und Arroganz der Sklavenhalter von Virginia wider. Viele Nordländer verurteilten Browns Handlungen, hielten ihn jedoch für richtig in seiner Überzeugung, dass die Sklaverei enden müsse. Browns Überfall auf Harpers Ferry und seine Hinrichtung polarisierten weiter nach Norden und Süden und machten eine Lösung des Sklavereiproblems zum Zentrum der nationalen Debatte.