Von 1924 bis 1927 war der Flugplatz in Kalandia der einzige Flughafen im britischen Mandat für Palästina. Es wurde von den britischen Militärbehörden und prominenten Gästen benutzt, die nach Jerusalem gingen. Im Jahr 1931 enteignete die jüdische Regierung Land aus dem jüdischen Dorf Atarot, um den Flugplatz zu erweitern, Häuser abzureißen und Obstgärten zu entwurzeln. Im Jahr 1936 wurde der Flughafen für regelmäßige Flüge eröffnet. Das Dorf Atarot wurde während des Arabisch-Israelischen Krieges 1948 von der jordanischen arabischen Legion erobert und zerstört.,
Von 1948 bis zum Sechstagekrieg im Juni 1967 stand der Flughafen unter jordanischer Kontrolle und wurde als OJJR bezeichnet. Nach dem Sechs-Tage-Krieg wurde der Flughafen Jerusalem in das Stadtgebiet von Jerusalem City aufgenommen und als LLJR bezeichnet.
In den 1970er und frühen 1980er Jahren investierte Israel beträchtliche Ressourcen in die Modernisierung des Flughafens und die Schaffung der Infrastruktur für einen vollwertigen internationalen Flughafen, aber die internationalen Luftfahrtbehörden würden angesichts der Tatsache, dass sich der Flughafen in Gebieten befand, die 1967 von Israel erobert wurden, keine internationalen Flüge erlauben, um dort zu landen., Somit wurde der Flughafen nur für Inlandsflüge und Charterflüge genutzt.
Aufgrund von Sicherheitsproblemen während der Zweiten Intifada wurde der Flughafen im Oktober 2000 für den zivilen Flugverkehr geschlossen und im Juli 2001 offiziell an die israelischen Streitkräfte übergeben.
In den von Israel auf dem Camp David-Gipfel 2000 vorgestellten Karten wurde Atarot in das von Israel bebaute Gebiet Jerusalems aufgenommen. Dies wurde von der palästinensischen Delegation abgelehnt, die es sich als nationalen Flughafen für die Palästinenser vorstellte., Yossi Beilin schlug vor, den Flughafen gemeinsam als Teil einer gemeinsamen Aufteilung Jerusalems zwischen Israel und der palästinensischen Autonomiebehörde zu nutzen, unter Berufung auf das erfolgreiche Modell des internationalen Flughafens Genf, der sowohl von der Schweiz als auch von Frankreich genutzt wird.