Uracil N-glycosylase (UNG) è un enzima utilizzato in un potente metodo per eliminare riporto reazione a catena della polimerasi (PCR) prodotti in tempo reale PCR. Questo metodo modifica i prodotti PCR in modo tale che in una nuova reazione, tutti i prodotti residui delle precedenti amplificazioni PCR saranno digeriti e impediti dall’amplificazione, ma i veri modelli di DNA non saranno influenzati., La PCR sintetizza abbondanti prodotti di amplificazione ogni round, ma la contaminazione di ulteriori round di PCR con tracce di questi prodotti, chiamata contaminazione da riporto, produce risultati falsi positivi. La contaminazione da riporto da alcune PCR precedenti può essere un problema significativo, dovuto sia all’abbondanza di prodotti PCR, sia alla struttura ideale del materiale contaminante per la re-amplificazione., Tuttavia, la contaminazione da riporto può essere controllata mediante le seguenti due fasi: i) incorporazione del dUTP in tutti i prodotti di PCR (sostituendo il dUTP al dTTP o incorporando l’uracile durante la sintesi dei primer; e ii) trattamento di tutte le successive reazioni di partenza completamente preassemblate con uracil DNA glycosylase (UDG), seguita dall’inattivazione termica dell’UDG. UDG scinde la base di uracile dalla spina dorsale del fosfodiestere del DNA contenente uracile, ma non ha alcun effetto sul DNA naturale (cioè contenente timina)., I siti apirimidinici risultanti bloccano la replicazione da parte delle DNA polimerasi e sono molto labili all’idrolisi acido / base. Poiché l’UDG non reagisce con il dTTP ed è anche inattivato dalla denaturazione del calore prima dell’effettiva PCR, la contaminazione da riporto delle PCR può essere controllata efficacemente se i contaminanti contengono uracili al posto delle timine.
Uracil N-glicosilasi è stato anche utilizzato in uno studio per rilevare prove di attività metabolica a basso livello in corso e riparazione del DNA in batteri antichi., La sopravvivenza a lungo termine di batteri può avvenire sia attraverso endospora formazione (in cui il batterio entra totale di dormienza, con nessuna attività metabolica a tutti di prendere posto, e, pertanto, nessuna riparazione del DNA), oppure attraverso la riduzione dell’attività metabolica di una percentuale molto bassa, appena sufficienti per effettuare in corso di riparazione del DNA e prevenire l’esaurimento di altre molecole instabili (come ATP), in cui il microbo è in grado di riparare i danni al DNA, ma anche continua lentamente a consumare sostanze nutritive. Le sequenze di DNA dei batteri nel permafrost sono state amplificate usando la PCR., Una serie di esecuzioni amplificava le sequenze di DNA così com’è (per rilevare tutto il DNA batterico vivo nei campioni), mentre l’altra serie cercava specificamente il DNA che era stato sottoposto a riparazione in corso; per fare questo, il DNA è stato trattato con UNG per rimuovere gli uracili. Ciò ha impedito l’amplificazione del DNA non riparato in due modi: in primo luogo, i siti abasici generati dalla rimozione degli uracili hanno impedito alla DNA polimerasi utilizzata nella PCR di procedere oltre il sito di danno, mentre questi siti abasici hanno anche direttamente indebolito il DNA e reso più probabile che si frammenti al riscaldamento., In questo modo, i ricercatori sono stati in grado di mostrare prove di riparazione del DNA in corso in batteri Gram-positivi ad alto GC fino a 600.000 anni.
Uracil N glicosilasi è stato utilizzato anche in un metodo per la clonazione di PCR amplificato frammenti di DNA. In questo metodo i primer utilizzati nella PCR sono sintetizzati con residui di uracile invece di timina. Quando questi primer sono incorporati in frammenti amplificati PCR la sequenza di primer diventa suscettibile alla digestione con Uracile N glicosilasi e produrre 3 ‘ estremità sporgenti che possono essere ricotti ad un DNA vettoriale opportunamente preparato., Le molecole chimeriche risultanti possono essere trasformate in cellule competenti ad alta efficienza, senza la necessità di legatura in vitro.