Nel 1976, Baio ha interpretato il personaggio del titolo Bugsy Malone nel musical gangster per bambini diretto da Alan Parker, che ha anche co-interpretato Jodie Foster. Baio e Foster lavorarono di nuovo insieme nel dramma per adolescenti Foxes (1980), diretto da Adrian Lyne.
Quando aveva 16 anni, Baio è stato scelto come cugino di Fonz, Chachi Arcola, in Happy Days. Durante il suo periodo in Happy Days, Baio ha ottenuto due nomination agli Emmy Award, per le sue interpretazioni nei film per la televisione Stoned (1981) e All the Kids Do It (1985)., Ha vinto due Young Artist Awards durante il Terzo Annual Youth in Film Awards (1980-1982) come Miglior giovane attore in uno speciale televisivo per Stoned e Miglior giovane comico in televisione o film per Happy Days. Ha anche recitato negli speciali dramma giovanile made-for-television Il ragazzo che ha bevuto troppo e Senior Trip.
Nel 1982, Baio era in uno spin-off di Happy Days intitolato Joanie Loves Chachi con Erin Moran, che ha funzionato per 17 episodi. Nello stesso anno, è apparso nel film Zapped del 1982!, e ha registrato un album per la RCA (ha anche registrato un secondo album The Boys Are Out Tonight l’anno successivo), tra cui il singolo “How Do You Talk To Girls.”
Durante questo stesso periodo, ha anche recitato come Francis Geminiani nella presentazione speciale della HBO di Gemini, un adattamento della commedia drammatica di Broadway Happy Birthday, Gemini. Dal 1979 al 1984, Baio ha fatto sette apparizioni in Battle of the Network Stars; sei come concorrente per la squadra ABC (una volta come capitano della squadra) e uno come co-conduttore.
Dal 1984 al 1990, Baio ha recitato nella serie comica Charles in Charge., Nel 1985, ha fatto parte di un cast per Alice nel paese delle meraviglie, dove ha interpretato Pat il maiale. Dal 1987 al 1991, è stato regista della serie comica per bambini Out of This World.
Nel corso del 1990, Baio è apparso in vari programmi televisivi, tra cui il Look di breve durata che sta parlando piccolo schermo spin-off Baby Talk. Nel 1991, è apparso nel film della NBC Monday Night Perry Mason e il caso della moda fatale, come un giovane procuratore. Tra il 1993 e il 1995, ha interpretato il dottor Jack Stewart nella serie medical mystery Diagnosis: Murder., Baio era una guest-star in una varietà di serie, tra cui Full House, Toccato da un angelo, Armadio di Veronica e La tata. Ha anche recitato in diversi film in televisione e video come Detonator, Bar-Hopping, Dumb Luck, Face Value e Mixed Blessings.
Altri film di Baio includono i film indipendenti Very Mean Men (2000), Face to Face (2001) e Il pane, Il mio dolce (2001). Very Mean Men era una commedia su una guerra di mafia tra due famiglie. Baio è stato co-produttore con suo fratello maggiore Steven nel film, e ha interpretato il ruolo di scion crimine Paulie Minnetti.,
Face to Face (ribattezzato Italian Ties) è un dramma comico su tre giovani (tra cui Baio come Richie) che rapiscono i loro padri emotivamente lontani per un fine settimana di legame. Baio ha co-scritto la sceneggiatura con Jeffrey L. Gurian. Il film ha vinto il premio 10 Degrees Hotter Best Feature durante il Valley Film Festival.
Il pane, il mio dolce (retitled A Wedding for Bella) è un film romantico diretto da Melissa Martin e prodotto da Adrienne Wehr. Baio ha interpretato Dominic Pyzola, un raider aziendale durante il giorno e un pasticcere di notte., Ha vinto un premio come miglior attore protagonista al San Diego Film Festival.
Nel 2004, Baio ha recitato in Superbabies: Baby Geniuses 2 con Bob Clark. Il film è stato ampiamente stroncato dalla critica e nominato per quattro Razzie Awards.
Nel 2005, Baio ha interpretato se stesso nel film Maledetto di Wes Craven. Baio è anche apparso in Arrested Development come avvocato serio ma strapagato della famiglia Bluth, Bob Loblaw che assume il ruolo dell’ex co-protagonista di Happy Days Henry Winkler in quattro episodi. L’Associazione online Film and Television lo ha nominato come miglior attore ospite in una serie comica per il ruolo.,
Nel 2007, Baio ha recitato nella serie di celebrità VH1 Scott Baio Is 45…e Single e il suo successore l’anno successivo, Scott Baio è 46…e incinta. Baio è stato anche il co-conduttore del reality show VH1 Confessions of a Teen Idol, in cui gli ex idoli adolescenti tentano di resuscitare le loro carriere.
Baio ha recitato e prodotto il Nick at Nite situation comedy See Dad Run, che ha funzionato per tre stagioni. Nello stesso anno, Baio ha recitato in un episodio di Sam & Cat come un agente di polizia che arresta le ragazze.