Questa sottosezione della sezione Nomi e tassonomia fornisce un elenco esaustivo di tutti i nomi della proteina, da quelli comunemente usati a quelli obsoleti, per consentire l’identificazione univoca di una proteina.
Questa sottosezione include anche informazioni sull’attività della proteina, come una descrizione precisa del meccanismo catalitico degli enzimi, o informazioni sulle singole catene proteiche o sui domini funzionali in essa contenuti, se pertinenti.,
UniProtKB/Swiss-Prot ‘Protein names’ sottosezione
La sottosezione si compone di 2 categorie e diverse sottocategorie di nomi di proteine e abbreviazioni. Inizia sempre con il ‘Nome consigliato’ (‘RecName’ nel file di testo piatto). I nomi alternativi sono elencati sotto l’intestazione ‘Nome alternativo’ (‘AltName’ nel file di testo piatto).
| Campo Categoria | Sottocategoria Campo | Cardinalità | Descrizione |
|---|---|---|---|
| nome Consigliato | 1 | nome Completo raccomandato dal UniProt consorzio., | |
| Short name(s) | 0-n | Abbreviation of the full name or acronym. | |
| EC | 0-n | Enzyme Commission number. | |
| Alternative name(s) | 0-n | Synonym of the recommended name (full name). | |
| Short name(s) | 0-n | Abbreviation of the full name or an acronym. | |
| EC | 0-n | Enzyme Commission number., | |
| Alternative name(s) | Allergen | 0-1 | See Allergen nomenclature and list of entries. |
| Alternative name(s) | Biotech | 0-1 | Name used in a biotechnological context. |
| Alternative name(s) | CD_antigen | 0-n | See Human cell differentiation molecules nomenclature and list of entries., |
| Alternative name(s) | INN | 0-n | International nonproprietary name: un nome generico per una sostanza farmaceutica o ingrediente farmaceutico attivo che è una proprietà pubblica riconosciuta a livello mondiale. |
Se una proteina è nota per essere scissa in più componenti funzionali, la descrizione inizia con il nome della proteina precursore, seguito da ‘Scisso in …”sezione(e). Ogni componente è descritto in una sezione separata. Sono consentiti “nomi alternativi” per ogni singolo componente.,
Esempio: P01189 (‘Scisso nelle seguenti 11 catene:’)
Se una proteina è nota per includere più domini funzionali, ognuno dei quali descritto con un nome diverso, la descrizione inizia con il nome dell’intera proteina, seguito da “Including” sezione(s). Ogni dominio è descritto in una sezione separata. Sono consentiti “nomi alternativi” per ogni singolo dominio.,
Esempio: P27708 (‘Compresi i seguenti 3 domini:’)
UniProtKB/TrEMBL sottosezione ‘Nomi di proteine’
Il formato della sezione ‘Nomi di proteine’ in UniProtKB/TrEMBL segue da vicino il formato utilizzato in UniProtKB/Swiss-Prot. Tuttavia, poiché UniProtKB / TrEMBL non è annotato manualmente, la descrizione viene importata direttamente dalla voce nucleotidica sottostante e la sua accuratezza si basa sulle informazioni fornite dal mittente della voce nucleotidica. Questo è il motivo per cui le voci UniProtKB/TrEMBL di solito hanno ‘Submitted name’ (‘SubName’nel file di testo piatto) invece di ‘Recommended name’., Ci può essere più di un ‘Nome inviato’. I “nomi inviati” possono in seguito essere migliorati con procedure di annotazione automatica (l’etichetta cambierà da “SubName” a “RecName”), ma in caso contrario, rimane come fornito dal mittente fino a quando la voce non viene annotata manualmente e integrata in UniProtKB/Swiss-Prot.