1924-től 1927-ig a Kalandiai repülőtér volt az egyetlen repülőtér a Palesztinai brit mandátum alatt. A brit katonai hatóságok és a Jeruzsálembe tartó prominens vendégek használták. 1931-ben a kötelező kormány kisajátította a területet Atarot zsidó falujából, hogy bővítse a repülőteret, közben lerombolta a házakat és gyümölcsösöket bontott. 1936-ban a repülőteret rendszeres járatok számára nyitották meg. Atarot faluját az 1948-as Arab-izraeli háború során a jordániai Arab Légió foglyul ejtette és megsemmisítette.,
1948-tól az 1967 júniusi Hatnapos háborúig a repülőtér jordániai ellenőrzés alatt állt, OJJR-nek nevezték. A Hatnapos háború után a jeruzsálemi repülőteret beépítették a jeruzsálemi városi körzetbe, és LLJR-nek nevezték ki.
Az 1970-es években és az 1980-as évek elején Izrael jelentős forrásokat fektetett be a repülőtér korszerűsítésébe és egy teljes jogú nemzetközi repülőtér infrastruktúrájának megteremtésébe, de a nemzetközi légiközlekedési hatóságok, szem előtt tartva, hogy a repülőtér Izrael által 1967-ben elfoglalt területeken volt, nem engedték, hogy a nemzetközi járatok oda szálljanak le., Így a repülőteret csak belföldi járatokra és charterjáratokra használták.
a második Intifada során felmerült biztonsági problémák miatt a repülőteret 2000 októberében lezárták a polgári légi forgalom elől, 2001 júliusára pedig hivatalosan átadták az Izraeli Védelmi erőknek.
Az Izrael által a 2000-es Camp David csúcstalálkozón bemutatott térképeken Atarot szerepelt Jeruzsálem izraeli beépített területén. Ezt elutasította a Palesztin delegáció, amely a palesztinok nemzeti repülőterének tekintette., Yossi Beilin azt javasolta, hogy a repülőteret közösen használják Jeruzsálem Izrael és a Palesztin Hatóság közötti átfogó megosztásának részeként, hivatkozva a Genfi Nemzetközi Repülőtér sikeres modelljére, amelyet mind Svájc, mind Franciaország használ.