A fajok eredete során Darwin ellentétben áll a természetes szelekció elméletével azzal az elmélettel, hogy Isten önállóan létrehozta az egyes fajokat. Ez úgy tűnik, mintha az Eredet tudományos alternatívát kínál a teológiai világképhez. Néhány hónappal az Eredet megjelenése után azonban a kiemelkedő anatómus, Richard Owen közzétett egy áttekintést, amely rámutatott Darwin elméletének teológiai feltételezéseire., Owen dolgozott a hagyomány racionális morfológia, amelyen belül az egyik azt sugallja, hogy az evolúció történik a folyamatok folyamatos azokkal, amely az élet felmerül a kérdés; ezzel szemben Darwin pihent a fiók az élet eredete a gondolat, hogy Isten teremtett egy vagy néhány életformák, amelyek alapján a természetes szelekció is jár., Owen azzal érvelt, hogy Darwin Istenre való támaszkodása az élet eredetének megmagyarázására az evolúció változatát nem kevésbé természetfeletti, mint a Darwin által kritizált különleges kreacionista: bár Darwin korlátozza Istent egy vagy néhány alkotásra, még mindig Istenre támaszkodik, hogy elmagyarázza az élet létezését.