Cette sous-section de la section Noms et taxonomie fournit une liste exhaustive de tous les noms de la protéine, de couramment utilisés à obsolètes, afin de permettre une identification sans ambiguïté d’une protéine.
Cette sous-section comprend également des informations sur l’activité de la protéine, telles qu’une description précise du mécanisme catalytique des enzymes, ou des informations sur les chaînes protéiques individuelles ou les domaines fonctionnels qu’elle contient, le cas échéant.,
UniProtKB/Swiss-Prot sous-section « Noms de protéines »
La sous-section comprend 2 catégories et plusieurs sous-catégories de noms et d’abréviations de protéines. Il commence toujours par le’ Nom recommandé ‘(‘RecName’ dans le fichier texte plat). Les noms alternatifs sont répertoriés sous la rubrique’ Nom(s) alternatif (s) ‘(‘AltName’ dans le fichier texte plat).
| type | sous-catégorie de Champ | Cardinalité | Description |
|---|---|---|---|
| nom Recommandé | 1 | nom Complet recommandé par le UniProt consortium., | |
| Short name(s) | 0-n | Abbreviation of the full name or acronym. | |
| EC | 0-n | Enzyme Commission number. | |
| Alternative name(s) | 0-n | Synonym of the recommended name (full name). | |
| Short name(s) | 0-n | Abbreviation of the full name or an acronym. | |
| EC | 0-n | Enzyme Commission number., | |
| Alternative name(s) | Allergen | 0-1 | See Allergen nomenclature and list of entries. |
| Alternative name(s) | Biotech | 0-1 | Name used in a biotechnological context. |
| Alternative name(s) | CD_antigen | 0-n | See Human cell differentiation molecules nomenclature and list of entries., |
| Nom(s) alternatif (s) | DCI | 0-n | Dénomination commune internationale: nom générique d’une substance pharmaceutique ou d’un ingrédient pharmaceutique actif qui est une propriété publique mondialement reconnue. |
Si une protéine est connue pour être découpé en plusieurs composants fonctionnels, la description commence par le nom de la protéine précurseur, suivi par » Clivé en … section(s). Chaque composant est décrit dans une section distincte. Des « noms alternatifs » sont autorisés pour chaque composant individuel.,
Exemple: P01189 (‘Clivée dans les 11 chaînes suivantes:’)
Si une protéine est connue pour inclure plusieurs domaines fonctionnels, chacun d’entre eux étant décrit par un nom différent, la description commence par le nom de la protéine entière, suivi de la(des) section (s) « Y compris ». Chaque domaine est décrit dans une section distincte. Des « noms alternatifs » sont autorisés pour chaque domaine individuel.,
Exemple: P27708 (‘Incluant les 3 domaines suivants:’)
Sous-section UniProtKB/TrEMBL ‘Protein names’
Le format de la section ‘Protein names’ dans UniProtKB/TrEMBL suit de près le format utilisé dans UniProtKB / Swiss-Prot. Cependant, comme UniProtKB / TREMBLL n’est pas annoté manuellement, la description est importée directement à partir de l’entrée de nucléotide sous-jacente et son exactitude repose sur l’information fournie par le déposant de l’entrée de nucléotide. C’est pourquoi les entrées UniProtKB/TrEMBL ont généralement ‘Nom soumis’ (‘Sous-nom’ dans le fichier texte plat) au lieu de ‘Nom recommandé’., Il peut y avoir plus d’un « nom soumis ». Les « noms soumis » peuvent ensuite être améliorés par des procédures d’annotation automatique (l’étiquette passera alors de « Sous-nom » à « RecName »), mais sinon, elle reste telle que fournie par l’auteur jusqu’à ce que l’entrée soit annotée manuellement et intégrée à UniProtKB/Swiss-Prot.