Le 16 octobre 1859, John Brown conduit dix-huit hommes-treize blancs et cinq noirs-à Harpers Ferry, en Virginie. Trois autres membres de sa force formèrent une arrière-garde dans une ferme voisine du Maryland. Vétéran des luttes violentes entre les forces pro – et anti-esclavagistes au Kansas, Brown avait l’intention de provoquer un soulèvement général des Afro-Américains qui mènerait à une guerre contre l’esclavage. Les pillards se sont emparés des bâtiments fédéraux et ont coupé les fils télégraphiques., S’attendant à ce que des esclaves locaux se joignent à eux, Brown et ses hommes attendent dans l’armurerie tandis que les citadins encerclent le bâtiment. Les pillards et les civils échangèrent des coups de feu, et huit des hommes de Brown furent tués ou capturés. Au lever du jour, le 18 octobre, les Marines américains sous le commandement du colonel breveté Robert E. Lee prirent d’assaut la position de Brown dans l’enginehouse de l’arsenal et capturèrent ou tuèrent la majeure partie de ses forces. Cinq des conspirateurs, dont Owen, le fils de Brown, s’enfuirent en lieu sûr au Canada et dans le Nord., Gravement blessé et emmené à la prison de Charles Town, en Virginie, John Brown fut jugé pour trahison contre le commonwealth de Virginie, pour meurtre et pour avoir conspiré avec des esclaves pour se rebeller. Le 2 novembre, un jury l’a reconnu coupable et condamné à mort. Brown accepta volontiers la sentence et déclara qu’il avait agi conformément aux commandements de Dieu. Répondant aux rumeurs persistantes et aux menaces écrites, Henry A. Wise, gouverneur de Virginie, a appelé les compagnies de milice de l’État pour se prémunir contre un éventuel sauvetage de Brown et de ses partisans., Le 2 décembre 1859, Brown est pendu à Charles Town.
Le raid de Harpers Ferry a confirmé pour de nombreux Sudistes l’existence d’un vaste complot nordiste contre l’esclavage. En fait, Brown avait recueilli des fonds pour son raid auprès des abolitionnistes du Nord. Pour armer les esclaves, il commanda mille piques à une manufacture du Connecticut. Les lettres au gouverneur Wise trahissaient les sentiments mitigés que les gens éprouvaient pour Brown. Pour certains, il était tout simplement fou et ne devrait pas être pendu., Pour d’autres, il était un martyr de la cause de l’abolition, et son procès rapide et son exécution reflétaient la peur et l’arrogance des propriétaires d’esclaves de Virginie. De nombreux Habitants du Nord condamnèrent les actions de Brown, mais le jugèrent juste dans sa conviction que l’esclavage devait prendre fin. Le raid de Brown sur Harpers Ferry et son exécution polarisèrent davantage le Nord et le Sud et firent de la résolution de la question de l’esclavage le centre du débat national.