Tout au long de l’origine des espèces, Darwin oppose sa théorie de la sélection naturelle à la théorie selon laquelle Dieu a créé indépendamment chaque espèce. Cela donne l’impression que l’Origine offre une alternative scientifique à une vision théologique du monde. Quelques mois après l’apparition de l’Origine, cependant, l’éminent anatomiste Richard Owen a publié une revue qui a souligné les hypothèses théologiques de la théorie de Darwin., Owen a travaillé dans la tradition de la morphologie rationnelle, dans laquelle on pourrait suggérer que l’évolution se produit par des processus qui sont continus avec ceux par lesquels la vie naît de la matière; en revanche, Darwin reposait son récit des origines de la vie sur la notion que Dieu a créé une ou quelques formes de vie sur lesquelles la, Owen a soutenu que la dépendance de Darwin à Dieu pour expliquer les origines de la vie rend sa version de l « évolution non moins surnaturelle que le créationniste spécial que Darwin critique: bien que Darwin limite Dieu à un ou quelques actes de la création, il compte toujours sur Dieu pour expliquer l » existence de la vie.