De 1924 à 1927, l’aérodrome de Kalandia était le seul aéroport du mandat britannique pour la Palestine. Il a été utilisé par les autorités militaires britanniques et des invités éminents à destination de Jérusalem. En 1931, le gouvernement a exproprié des terres du village juif d’Atarot pour agrandir l’aérodrome, démolissant ainsi des maisons et déracinant des vergers. En 1936, l’aéroport a été ouvert pour des vols réguliers. Le village d’Atarot a été capturé et détruit par la Légion arabe jordanienne pendant la guerre israélo-arabe de 1948.,
De 1948 à la guerre des Six Jours en juin 1967, l’aéroport était sous contrôle jordanien, désigné OJJR. Après la guerre des Six Jours, l’aéroport de Jérusalem a été incorporé dans la zone municipale de la ville de Jérusalem et a été désigné LLJR.
Dans les années 1970 et au début des années 1980, Israël a investi des ressources considérables dans la modernisation de l’aéroport et la création de l’infrastructure d’un aéroport international à part entière, mais les autorités de l’aviation internationale, gardant à l’esprit que l’aéroport se trouvait sur des terres capturées en 1967 par Israël,, Ainsi, l’aéroport n’était utilisé que pour les vols intérieurs et les vols charters.
En raison de problèmes de sécurité pendant la Deuxième Intifada, l’aéroport a été fermé au trafic aérien civil en octobre 2000 et en juillet 2001, il a été officiellement remis aux Forces de défense israéliennes.
Dans les cartes présentées par Israël au sommet de Camp David en 2000, Atarot était inclus dans la zone bâtie israélienne de Jérusalem. Cela a été rejeté par la délégation palestinienne, qui l’a envisagé comme un aéroport national pour les Palestiniens., Yossi Beilin a proposé que l’aéroport soit utilisé conjointement dans le cadre d’un partage global de Jérusalem entre Israël et l’Autorité palestinienne, citant le modèle réussi de l’aéroport international de Genève, utilisé à la fois par la Suisse et la France.