Yleistä:

Mikrobit ovat liian pieniä nähdä paljain silmin; he voivat selviytyä olosuhteissa, että monet ajattelevat ovat unlivable kuin anaerobinen ympäristö pötsissä lehmiä, kuumia lähteitä, ja kylmä Etelämantereen vesillä (Mitä ovat mikrobit, 2010). Miljoonat mikrobit elävät sekä ihmiselimistössä että sen sisällä ja voivat molemmat saada meidät selviämään hengissä tai sairastumaan, alle 1% bakteereista aiheuttaa sairauksia (mitä mikrobit, 2010).,

nenäontelon microbiome koostuu pääasiassa phyla Actinobacteria, Firmicutes ja Proteobacteria (Bassis et al. 2014). Nenäontelon mikrobiomi voi myös muuttua vastauksena ympäristötekijöihin, kuten maantieteelliseen sijaintiin ja hygieniaan (Rawis et al. 2019).

Micrococcus luteus löytyy paljon paikkoja, mukaan lukien ihon, multaa, pölyä, vettä, ilmaa, suun limakalvot, nielu, ja ylähengitysteiden ihmisten (Wikipedia, Micrococcus luteus, 2019). Se on grampositiivinen, kokkusmainen mikrobi ja sisältää katalaasia. Tämä mikrobi muodostaa suuria, pyöreitä yhdyskuntia., Se voidaan helposti sekoittaa stafylokokit, koska ne ovat hyvin samankaltaisia morfologisesti ja fysiologisesti (Wikipedia, Staphlyococcus Aureus).

tavoitteeni tässä kokeessa oli eristää, luonnehtia ja tunnistaa bakteeripesäke, joka syntyi kämppikseni nenästä otetusta näytteestä. Minä arveltu, että se voisi olla bakteereja, joita esiintyy yleisesti nenän sivuonteloiden ja todennäköisesti edellä mainituista phyla, niin se olisi todennäköisesti paras elää aerobinen, kostea ja lämmin ympäristö.

metodit:

päätin ottaa näytteitä bakteereista kämppikseni nenän sisältä., Näytettä varten käytin steriilejä vanupuikkoja ja pistin ne TSA-levyille. Pidin levyä huoneenlämmössä 7 päivää ja sitten valitsin siirtokunnan puhdistumaan puhtaan kulttuurin putkilevymenetelmällä. Toistin tämän prosessin vielä kolme kertaa puhdistaakseni siirtokuntaa. Kun kulttuuri katsottiin tarpeeksi puhtaaksi, rokotin vinoputken.

tein monia kokeita selvittääkseni siirtokunnan morfologiaa ja fysiologiaa., Jotta voidaan määrittää fysiologiset ominaisuudet kulttuuri, kuten solun muoto, järjestely, ja onko se oli gram-positiivinen tai negatiivinen, joka auttaa määrittämään solun seinä-tyyppinen mikrobi, suoritin gram-värjäys. Käytin oksidaasi testiliuska ja vettä määrittää, jos sytokromi C oksidaasi oli läsnä, ja suoritetaan katalaasi testi määrittää, jos katalaasi oli läsnä. Tein myös nestetioglykolaattitestin bakteerien happiluokan määrittämiseksi., Kasvatin bakteerini Eosin metyleenisinisellä (EMB) lautasella nähdäkseni, voiko se käydä laktoosissa ja voiko se kasvaa metyleenisinisellä, joka valitsee gramnegatiiviset bakteerit. Kasvatin sitä myös MacConkey (MAC) – lautasella nähdäkseni, voisiko se käydä laktoosissa ja voisiko se kasvaa sekä kidevioletilla että sappisuoloilla, jotta varmistettaisiin, oliko se gram-negatiivinen vai positiivinen. Käytin API Strep-testiä määrittääkseni lisää sokereita, joita bakteerit voivat käydä.

kasvoin viikon ajan eristettynä Tryptiseen Soijaliemeen (TSB) valmistautuakseni DNA-uuttoon., Poistin DNA: n käyttämällä PowerSoil DNA-pakkausta (QIAGENin valmistama) valmistajan ohjeiden mukaisesti. Tämän jälkeen näyte sekvensoitiin käyttäen Illumina MiSeq-tekniikkaa UAF: n DNA-Ydinlaboratoriossa. Käytin PATRIC-ohjelmistoa tehdäkseni metagenome-binningin ja osoittaakseni bakteereille taksonomian.

tulokset:

pesäke kesti 16 päivää puhdistuakseen. Tämän mikrobin gram-tahra osoitti, että se on gram-positiivinen, koska se värjäytyi violetiksi. Tämä mikrobi on kokkimainen ja muodostuu tetradeiksi. Yhdyskunta muodostuu keltaisena, kiiltävänä pyöreänä möykkynä., Katalaasi ja mao-testit olivat negatiivisia, koska katalaasi testi ei muodosta kuplia, ja mao-testi ei nähdä värin muutos. Oksidaasitestissä testataan, sisältääkö mikrobi sytokromi C-oksidaasia. Katalaasitesteissä selvitetään, sisältääkö mikrobi katalaasia. Nesteen thioglycallate testi osoitti, että bakteereja oli velvoittanut aerobit, koska kasvu oli keskittynyt yläosassa putki vaaleanpunainen alue. Se MacConkey agar osoitti hyvin vähän kasvua, ja ei ole väri muuttuu, mikä osoittaa, että mikrobi oli gram-positiivisiin ja ei fermenter., EMB-agarissa ei havaittu kasvua eikä värimuutoksia, mikä myös osoitti mikrobin olevan gram-positiivinen ja ei-fermenter.

taksonominen tehtävä tämä mikrobi oli micrococcus luteus, koska se oli ainoa bin, että PATRIC antoi. Sillä oli 27 372 konventtia. Sillä on useita antibioottiresistenssigeenejä, kuten dihydropteroaattisyntaasi, glyserofosforyylidiesterifosfodiesteraasi ja SSU ribosomaaliset proteiinit.

Kuva 1. Kruunu kuvio mikrobin osoittaa, bakteeri-luokkaa ajateltu olevan näytteessä.

Kuva 2., Kaiju webserver metagenome binning analysis chart. Se osoittaa, että näyte sisältää terrabacteria-ryhmän bakteereja. Se on enimmäkseen Aktinobakteeria, mutta osa Proteobakteereista ja Firmisuleista on myös näytteessä.

kaiju metagenome binning osoittaa, että mikrobi näyte ei ole täysin puhdas (Kuva 2). Se osoittaa, että se on enimmäkseen Aktinobakteereita ,joidenkin firmicules, ja proteobacteria sekoitetaan (kuva 2). Tämä vastaa PATRIC metagenome binning, joka myös osoitti joitakin epäpuhtauksia (Kuva 1).,

Keskustelua

Kun mikrobi on gram-positiivinen, tämä tarkoittaa, että se on suuri peptidoglykaanin kerros ja puuttuu lipopolysakkaridi kerros. Se MacConkey agar on selektiivinen gram-negatiivinen, minkä vuoksi mikrobi ei näytä paljon kasvua, ja koska se ei muuta väriä, se tarkoittaa, että se ei käydä laktoosia. EMB-levy on valikoiva myös gramnegatiivisille bakteereille, minkä vuoksi bakteeri ei todennäköisesti kasvanut sillä. Happi-luokan mikrobi, velvoittaa aerobit, vastaa ennusteita olin tehnyt noin, koska bakteerit oli alun perin peräisin sieraimeen., Wikipedia kertoo myös, että Micrococcus luteus on velvoittanut aerobit, varmuuskopioida, mitä minun tulokset osoittavat (2019).

mao-testin tulokset viittaavat siihen, että mikrobi ei sisällä oksidaasi, huolimatta siitä, mitä metagenome binning testi osoitti. Katalaasi testi myös osoitti, että mikrobi ei ole katalaasi, vaikka metagenomic binning testi suositella sitä. Nämä eroavaisuudet voivat johtua inhimillisestä virheestä, epäpuhdaasta kulttuurista tai vanhasta agar-levystä., API-liuskat’ puute tulokset viittaavat siihen, että käytin väärää testiliuska, en luultavasti tarpeen käyttää Staph testin sijaan Strep testi, koska Strep testi on, kun Katalaasi on poissa, mutta siellä olisi voinut olla katalaasi läsnä. Metagenome binningin ja katalaasitestin ristiriitaiset tulokset vaikuttivat tähän virheeseen. Luulen, perustuu kaikki nämä tiedot, että mikrobi on itse asiassa micrococcus luteus ehdottivat PATRIC metagenome binning testi, ja kruunu (Kuva 1).

lopuksi osa tuloksistani oli tuloksettomia ja ristiriitaisia., Tämä on todennäköisesti joko syynä inhimilliseen virheeseen, epäpuhtaisiin viljelmiin tai siihen, että testiin ei käytetä tarpeeksi tuoreita agar-levyjä. Luulen, että tämä kulttuuri oli enimmäkseen Micrococcus luteus perustuu Kaiju ja metagenome binning tuloksia. Happi-luokan ja gram-positiivisuus mikrobi myös täsmää että Micrococcus luteus. Tulevaisuudessa työskentelen tämän mikrobin kanssa, luultavasti haluaisin puhdistaa kulttuuria enemmän ja tehdä testit uudelleen.

Bassis CM, AL Tang, VB Young ja MA Pynnönen (2014). Terveiden aikuisten nenäontelon mikrobiota. Mikrobiomi 2 (27).,

Rawis M ja AK Ellis (2019). Nenän mikrobiomi. Annals of Allergia, Astma ja Immunology 122(1):17-24.

(2010) mitä mikrobit ovat? Terveyden ja hyvinvoinnin laitos.