Peräisin Anti-Libanonin ja Mount Hermon vuoristot, Jordanin kattaa matkan 223 km pohjoisesta etelään ja tyhjentää osaksi Dead Sea. Joella on viisi riparialaista: Israel, Jordania, Libanon, Palestiina Ja Syyria.
Jordanin alkulähteille (Hasbani, Banya ja Dan) ovat pohjavedestä ja vuodenaikojen pintavalunta., Jordanin alajuoksun alun perin saanut sen tärkein virta pistorasiasta Lake Tiberias ja Yarmouk Joen suurin sivujoki, sekä useita wadis ja pohjavesiin. Virtaus Ylä-Jordan River Lake Tiberias on edelleen lähes luonnollista, mutta virtausnopeudet loppupään osa joki on vähentynyt jyrkästi viimeisten 50 vuoden aikana, koska rakentamisen sarjan infrastruktuurin ja kulkeutumisen perustetut järjestelmät altaan. Esimerkiksi 1950-luvulla arviolta 450-500 MCM: n vuosittainen keskimääräinen Historiallinen virtaus Yarmoukissa on nykyään vähentynyt 83-99 MCM: ään., Nykyinen vuotuinen vastuuvapauden Jordanin alajuoksun osaksi Dead Sea on arviolta 20-200 MCM verrattuna historiallisen 1,300 MCM. Lisäksi Jordanin alajuoksun vedenlaatu on hyvin heikko.
veden käyttö Jordanjoen vesistöalueella on epätasaisesti kehittynyt. Palestiinalla ja Syyrialla ei ole pääsyä Jordanjoelle, joten niiden käyttämät vesivarat itse joesta ovat olemattomia. Syyria on kuitenkin rakentanut useita patoja Jordanjoen valuma-alueeseen kuuluvaan Yarmoukjoen valuma-alueeseen., Maa käyttää noin 450 MCM/V valuma-alueen pinta-ja pohjavesivaroja pääasiassa maatalouskäyttöön. Libanonin Hasbanin valuma-alueen vuosittaiseksi vedenotoksi on arvioitu 9-10 MCM, jota käytetään pääasiassa talousvesihuoltoon. Israel on Jordanjoen valuma-alueen suurin veden käyttäjä, jonka vuosittainen vetäytyminen on 580-640 MCM. Se on myös Tiberiasjärven ainoa veden käyttäjä. Jordania käyttää noin 290 MCM/yr vettä Jordanjoen valuma-alueelta., Yarmouk-joelta kuningas Abdullahin kanavalle ohjattua vettä käytetään Jordanin laakson viljelykasvien kasteluun ja Ammanin kotikäyttöön. Kaiken kaikkiaan Jordanjoen valuma – alueella on arviolta 100 000-150 000 hehtaaria kasteltua aluetta, josta noin 30% sijaitsee Israelissa, Jordaniassa ja Syyriassa, 5% Palestiinassa ja 2% Libanonissa.
Jordanjoen veden laatu on heikentynyt viime vuosikymmeninä pahasti., Kun latvat ovat suhteellisen ennallaan, Jordanin alajuoksun koostuu pääasiassa käsittelemättömän jäteveden ja maatalouden tuotto virtaa, pohjaveden tihkumista, sekä murtovesi jouset ohjata jokeen päässä Lake Tiberias-alueella. Erityisesti Jordanin alajuoksu on erittäin saastunut. Muut ympäristönäkökohdat ovat vesi-tason vaihtelut Lake Tiberias ja siihen liittyvä riski suolaisen veden tunkeutumisen alla, ja, mikä tärkeintä, lasku Kuollut Meri, jossa kaikki uhkaavat vakautta altaan ekosysteemin.,
Koska jo 20-luvulla, lukuisista yrityksistä edistämään yhteistyötä altaan riparians on vaikeuttanut se, että alueellinen poliittinen konflikti, joka edelleen estää tahansa vesistöalueen kattavan sopimuksen vettä. Useat kahdenväliset sopimukset kannustavat yhteistyöhön Israelin ja Jordanian sekä Israelin ja Palestiinan välillä.