Uracil N-glycosilase (UNG) es una enzima utilizada en un poderoso método para eliminar los productos de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) remanentes en PCR en tiempo Real. Este método modifica los productos de PCR de manera que en una nueva reacción, cualquier producto residual de amplificaciones de PCR anteriores se digerirá y se evitará la amplificación, pero las plantillas de ADN verdadero no se verán afectadas., La PCR sintetiza abundantes productos de amplificación en cada ronda, pero la contaminación de otras rondas de PCR con trazas de estos productos, llamada contaminación arrastrada, produce resultados falsos positivos. La contaminación arrastrada de alguna PCR anterior puede ser un problema significativo, debido tanto a la abundancia de productos de PCR como a la estructura ideal del material contaminante para la reamplificación., Sin embargo, la contaminación arrastrada puede controlarse mediante los dos pasos siguientes: (i) incorporar dUTP en todos los productos de PCR (sustituyendo dUTP por dTTP, o incorporando uracilo durante la síntesis de cebadores; y (ii) tratar todas las reacciones iniciales posteriores completamente preensambladas con uracilo DNA glicosilasa (UDG), seguido de inactivación térmica de UDG. UDG escinde la base de uracilo de la columna vertebral de fosfodiéster del ADN que contiene uracilo, pero no tiene efecto sobre el ADN natural (es decir, que contiene timina)., Los sitios apirimidínicos resultantes bloquean la replicación por las ADN polimerasas, y son muy lábiles a hidrólisis ácida/base. Debido a que UDG no reacciona con dTTP, y también es inactivado por la desnaturalización por calor antes de la PCR real, la contaminación por arrastre de PCR puede controlarse eficazmente si los contaminantes contienen uracilos en lugar de thymines.
Uracil n-glicosilasa también se utilizó en un estudio para detectar evidencia de actividad metabólica de bajo nivel y reparación de ADN en bacterias antiguas., La supervivencia a largo plazo de las bacterias puede ocurrir ya sea a través de la formación de endosporas (en la que la bacteria entra en latencia total, sin actividad metabólica en absoluto teniendo lugar, y, por lo tanto, no hay reparación del ADN), o bien a través de la reducción de la actividad metabólica a una tasa muy baja, solo suficiente para llevar a cabo la reparación del ADN en curso y evitar el agotamiento de otras moléculas inestables (como ATP), en el que el microbio es capaz de reparar el daño a su ADN, pero también continúa consumiendo lentamente nutrientes. Las secuencias de ADN de bacterias en permafrost se amplificaron mediante PCR., Una serie de corridas amplificó las secuencias de ADN tal cual (para detectar todo el ADN bacteriano vivo en las muestras), mientras que la otra serie buscó específicamente el ADN que había sido sometido a reparación en curso; para ello, el ADN fue tratado con UNG para eliminar uracilos. Esto evitó la amplificación del ADN no reparado de dos maneras: en primer lugar, los sitios abásicos generados por la eliminación de uracilos impidieron que la ADN polimerasa utilizada en la PCR pasara más allá del sitio de daño, mientras que estos sitios abásicos también debilitaron directamente el ADN y lo hicieron más probable que se fragmentara al calentarse., De esta manera, los investigadores pudieron mostrar evidencia de reparación de ADN en curso en bacterias grampositivas de alto GC de hasta 600,000 años de edad.
Uracil n glicosilasa también se ha utilizado en un método para la clonación de fragmentos de ADN amplificados por PCR. En este método, los cebadores utilizados en PCR se sintetizan con residuos de uracilo en lugar de timina. Cuando estos cebadores se incorporan en fragmentos amplificados por PCR, la secuencia de cebador se vuelve susceptible a la digestión con uracilo N Glicosilasa y produce extremos sobresalientes de 3′ que pueden recocirse para obtener un ADN vector preparado adecuadamente., Las moléculas quiméricas resultantes se pueden transformar en células competentes con alta eficiencia, sin la necesidad de ligadura in vitro.