en 1976, Baio interpretó al personaje principal Bugsy Malone en The children’s gangster musical dirigido por Alan Parker, que también co-protagonizó Jodie Foster. Baio y Foster más tarde trabajaron juntos de nuevo en el drama adolescente Foxes (1980), dirigido por Adrian Lyne.
Cuando tenía 16 años, Baio fue elegido como el primo de Fonz, Chachi Arcola, en Happy Days. Durante su tiempo en Happy Days, Baio ganó dos nominaciones a los Premios Emmy, por sus actuaciones principales en las películas de televisión Stoned (1981) y All the Kids Do It (1985)., Ganó dos Premios Young Artist durante la tercera edición anual de Youth In Film Awards (1980-1982) como Mejor Actor Joven en un especial de televisión para Stoned y mejor comediante joven en televisión o películas para Happy Days. También protagonizó los especiales de drama juvenil the Boy Who Drank Too Much Y Senior Trip.
en 1982, Baio estuvo en un spin-off de Happy Days titulado Joanie Loves Chachi con Erin Moran, que duró 17 episodios. Ese mismo año, apareció en la película de 1982 Zapped!, y grabó un álbum para RCA (también grabó un segundo álbum The Boys Are Out Tonight al año siguiente), incluyendo el sencillo «How Do You Talk To Girls.
durante este mismo período, también protagonizó como Francis Geminiani en la presentación especial de HBO de Gemini, una adaptación de la comedia dramática de Broadway Happy Birthday, Gemini. De 1979 a 1984, Baio hizo siete apariciones en Battle of the Network Stars; seis como competidor para el equipo ABC (una vez como capitán del equipo) y uno como co-anfitrión.
desde 1984 hasta 1990, Baio protagonizó la serie de comedia sindicada Charles in Charge., En 1985, formó parte de un elenco para Alicia en el país de las maravillas, donde interpretó a Pat El Cerdo. Desde 1987 hasta 1991, fue director de la serie de comedia infantil Out of This World.
durante la década de 1990, Baio apareció en varios programas de televisión, incluyendo el spin-off de corta duración de Look Who’s Talking small screen Baby Talk. En 1991, apareció en la película de NBC Monday Night Perry Mason and the Case of the Fatal Fashion, como un joven fiscal. Entre 1993 y 1995, interpretó al Dr. Jack Stewart en la serie médica de misterio Diagnosis: Murder., Baio fue una estrella invitada en una variedad de series, incluyendo Full House, Touched by an Angel, Veronica Closet y The Nanny. También protagonizó varias películas en televisión y lanzamientos de video como Detonator, Bar-Hopping, Dumb Luck, Face Value y Mixed Blessings.
otras películas de Baio incluyen las películas independientes Very Mean Men (2000), Face To Face (2001) y The Bread, My Sweet (2001). Very Mean Men era una comedia sobre una guerra entre dos familias. Baio se desempeñó como co-productor con su hermano mayor Steven en la película, e interpretó el papel del vástago del crimen Paulie Minnetti.,
Face To Face (renombrado Italian Ties) es un drama cómico sobre tres hombres jóvenes (incluyendo a Baio como Richie) que secuestran a sus padres emocionalmente distantes para un fin de semana de unión. Baio co-escribió el guion con Jeffrey L. Gurian. La película ganó el premio 10 Degrees Hotter a la mejor película durante el Festival de cine del Valle.
The Bread, My Sweet (retitulado a Wedding for Bella) fue una película romántica dirigida por Melissa Martin y producida por Adrienne Wehr. Baio interpretó a Dominic Pyzola, un raider corporativo durante el día, y un chef de pastelería por la noche., Ganó un premio al Mejor Actor Principal en el Festival de cine de San Diego.
en 2004, Baio protagonizó Superbabies: Baby Geniuses 2 con Bob Clark. La película fue ampliamente criticada por los críticos y nominada a cuatro premios Razzie.
en 2005, Baio se interpretó a sí mismo en la película de Wes Craven Cursed. Baio también apareció en Arrested Development como el serio pero pagado abogado de la familia Bluth, Bob Loblaw asumiendo el papel de Henry Winkler en cuatro episodios. La Asociación de cine y televisión en línea lo nominó como Mejor Actor invitado en una serie de comedia por el papel.,
en 2007, Baio protagonizó la serie de reality de VH1 Scott Baio Is 45…y Single y su sucesor al año siguiente, Scott Baio tiene 46 años…y embarazada. Baio también fue el co-anfitrión del reality show de VH1 Confessions of a teen Idol, en el que Antiguos ídolos adolescentes intentan resucitar sus carreras.
Baio protagonizó y produjo la comedia de situación de Nick at Nite See Dad Run, que duró tres temporadas. Ese mismo año, Baio protagonizó un episodio de Sam & Cat como un oficial de policía que arresta a las chicas.