El 16 de octubre de 1859 John Brown llevó a dieciocho hombres-trece blancos y cinco negros-a Harpers Ferry, Virginia. Otros tres miembros de su fuerza formaron una retaguardia en una granja cercana de Maryland. Veterano de las violentas luchas entre las fuerzas a favor y en contra de la esclavitud en Kansas, Brown tenía la intención de provocar un levantamiento general de afroamericanos que llevaría a una guerra contra la esclavitud. Los asaltantes se apoderaron de los edificios federales y cortaron los cables telegráficos., Esperando que los esclavos locales se unieran a ellos, Brown y sus hombres esperaron en la armería mientras la gente del pueblo rodeaba el edificio. Los asaltantes y los civiles intercambiaron disparos, y ocho de los hombres de Brown fueron asesinados o capturados. Al amanecer del 18 de octubre, los Marines estadounidenses bajo el mando del Coronel Brevet Robert E. Lee irrumpieron en la posición de Brown en la casa de máquinas del arsenal y capturaron o mataron a la mayor parte de su fuerza. Cinco de los conspiradores, incluyendo al Hijo de Brown, Owen, escaparon a un lugar seguro en Canadá y el norte., Gravemente herido y llevado a la cárcel en Charles Town, Virginia, John Brown fue juzgado por traición contra la Mancomunidad de Virginia, por asesinato y por conspirar con esclavos para rebelarse. On 2 November a jury convicted him and sentenced him to death. Brown aceptó fácilmente la sentencia y declaró que había actuado de acuerdo con los mandamientos de Dios. En respuesta a los persistentes rumores y amenazas escritas, Henry A. Wise, gobernador de Virginia, llamó a las compañías de milicias estatales para protegerse contra un posible rescate de Brown y sus seguidores., El 2 de diciembre de 1859, Brown fue ahorcado en Charles Town.
La incursión en el Ferry de Harpers confirmó para muchos sureños la existencia de una trama generalizada en el norte contra la esclavitud. De hecho, Brown había recaudado fondos para su incursión de los abolicionistas del Norte. Para armar a los esclavos, ordenó mil picas de una fábrica de Connecticut. Las cartas al Gobernador wise traicionaron los sentimientos encontrados que la gente tenía por Brown. Para algunos, estaba simplemente loco y no debería ser ahorcado., Para otros, fue un mártir de la causa de la abolición, y su rápido juicio y ejecución reflejaron el miedo y la arrogancia de los dueños de esclavos de Virginia. Muchos Norteños condenaron las acciones de Brown, pero pensaron que tenía razón en su convicción de que la esclavitud tenía que terminar. La incursión de Brown en Harpers Ferry y su ejecución polarizaron aún más el norte y el Sur e hicieron de una resolución de la cuestión de la esclavitud el centro del debate nacional.