desde 1924 hasta 1927, el aeródromo de Kalandia fue el único aeropuerto en el Mandato británico para Palestina. Fue utilizado por las autoridades militares británicas e invitados prominentes con destino a Jerusalén. En 1931, el Gobierno obligatorio expropió tierras de la aldea judía de Atarot para ampliar el aeródromo, en el proceso de demolición de casas y desarraigo de huertos frutales. En 1936, el aeropuerto fue abierto para vuelos regulares. El pueblo de Atarot fue capturado y destruido por la Legión árabe jordana durante la Guerra Árabe-Israelí de 1948.,
desde 1948 hasta la Guerra de los Seis Días en junio de 1967, el aeropuerto estaba bajo control jordano, designado OJJR. Después de la Guerra de los Seis Días, El aeropuerto de Jerusalén fue incorporado al área municipal de la ciudad de Jerusalén y fue designado LLJR.
en el decenio de 1970 y principios del decenio de 1980, Israel invirtió considerables recursos en la mejora del aeropuerto y la creación de la infraestructura para un aeropuerto internacional en toda regla, pero las autoridades internacionales de aviación, teniendo en cuenta que el aeropuerto estaba en tierras capturadas en 1967 por Israel, no permitieron que los vuelos internacionales aterrizaran allí., Por lo tanto, el aeropuerto solo se utilizó para vuelos nacionales y vuelos chárter.
debido a problemas de seguridad durante la Segunda Intifada, el aeropuerto fue cerrado al tráfico aéreo civil en octubre de 2000 y en julio de 2001 fue entregado oficialmente a las fuerzas de Defensa de Israel.
en los mapas presentados por Israel en la Cumbre de Camp David de 2000, Atarot fue incluido en el área edificada Israelí de Jerusalén. Esto fue rechazado por la delegación palestina, que lo concibió como un aeropuerto nacional para los palestinos., Yossi Beilin propuso que el aeropuerto se utilizara conjuntamente como parte de un intercambio general de Jerusalén entre Israel y la Autoridad Palestina, citando el modelo exitoso del Aeropuerto Internacional de Ginebra, que es utilizado tanto por Suiza como por Francia.