arkæologer indikerer, at området omkring søen er et af de tidligste kendte steder for menneskelig bosættelse i staten Minnesota. Rom floden dræner fra Lake Mille Lacs i Mississippi-floden mod syd på nuværende dag Anoka.
på tidlige franske kort blev søen også identificeret som Lac Buade eller Minsisaugaigun. På et kort fra 1733 af Henry Popple vises Mille Lacs Lake som “Lake Misisi orsucaigan eller Baude”. Så sent som i 1843 blev det omtalt som “Mini Sagaigonin eller Mille Lacs” på Amerikanske regeringskort.,søen er kendt i Dakota som bd.Mysticakh. ((Spiritual/Mystic Lake). Mde .akanton-gruppen i Santee Siou.identificeret ved deres placering omkring søen. I Området, søen er kendt som Misi-zaaga’igan megwe Midaaswaakogamaakaan (Grand/Stor/Stor Sø i Regionen med de Tusind Søer), eller blot som Misi-zaaga’igan (Store Sø), da det er den største sø i Brainerd Lakes Området. Ligeledes kaldte franskmændene søen som ” Mille Lacs Lake “(Lac des Mille Lacs), da Brainerd Lakes-området blev kaldt” Region of Thousand Lakes ” (Pays des Mille Lacs).,områder omkring søen er beskyttede og tilgængelige for offentligheden i statsparker: Fader Hennepin State Park og Mille Lacs Kathio State Park. Dele af Mille Lacs Indian Reservation, af den føderalt anerkendte Mille Lacs Ojib .e, grænser op til søen.
i 2013 flyttede en vindblæst væg af is, kaldet en is shove, ud af søen og beskadigede huse på søbredden.