fra 1924 til 1927 var flyvepladsen i Kalandia den eneste lufthavn i Det britiske mandat for Palæstina. Det blev brugt af de britiske militære myndigheder og fremtrædende gæster på vej til Jerusalem. I 1931 eksproprierede den obligatoriske regering jord fra Den jødiske landsby Atarot for at udvide flyvepladsen i processen med at nedrive hjem og opdrætte frugtplantager. I 1936 blev lufthavnen åbnet for regelmæssige flyvninger. Landsbyen Atarot blev fanget og ødelagt af den jordanske arabiske Legion under 1948 arabisk-israelsk krig.,
fra 1948 til Seksdageskrigen i juni 1967 var lufthavnen under jordansk kontrol, betegnet OJJR. Efter seks dages krig, Jerusalem lufthavn blev indarbejdet i Jerusalem city kommunale område og blev udpeget LLJR.
I 1970’erne og begyndelsen af 1980’erne, Israel investeret betydelige ressourcer i at opgradere lufthavnen og skabe den infrastruktur, for en fuldstændig international airport, men de internationale luftfartsmyndigheder, i betragtning af, at lufthavnen var i lander erobrede i 1967 af Israel, ville ikke tillade internationale flyvninger til land der., Lufthavnen blev således kun brugt til indenrigsflyvninger og charterfly.
På grund af sikkerhedsproblemer under den anden Intifada blev lufthavnen lukket for civil lufttrafik i oktober 2000, og i juli 2001 blev den formelt overdraget til de israelske forsvarsstyrker.
på kort præsenteret af Israel på Camp David-topmødet i 2000 blev Atarot inkluderet i det israelske bebyggede område i Jerusalem. Dette blev afvist af den palæstinensiske delegation, der forestillede sig det som en national lufthavn for palæstinenserne., Yossi Beilin foreslået, at lufthavnen bruges i fællesskab som en del af en samlet deling af Jerusalem mellem Israel og den Palæstinensiske Myndighed, med henvisning til den succesfulde model af Geneves Internationale Lufthavn, som bruges af både Schweiz og Frankrig.