pro všechny výhody, které polyploidie může poskytnout organismu, existuje také velké množství nevýhod, pozorovaných i předpokládaných. Jedna z těchto nevýhod se týká relativních změn mezi velikostí genomu a objemem buňky. Objem buněk je úměrný množství DNA v buněčném jádru. Například se očekává, že zdvojnásobení genomu buňky zdvojnásobí objem prostoru obsazeného chromozomy v jádru, ale způsobuje pouze 1.,6-násobné zvýšení povrchové plochy jaderné obálky (Melaragno et al., 1993). To může narušit rovnováhu faktorů, které normálně zprostředkovávají interakce mezi chromozomy a jadernými složkami, včetně proteinů vázaných na obálku. Periferní umístění telomerické a centromeric heterochromatin může být narušen stejně, protože tam je méně relativní povrch prostor na jadernou obálku pro uložení této polohy (Fransz et al., 2002).
polyploidie může být také problematická pro normální dokončení mitózy a meiózy., Pro jednoho, polyploidie zvyšuje výskyt vřeteno nesrovnalosti, což může vést k chaotickým segregaci chromatid a výrobu aneuploidní buňky, u živočichů a kvasinek. Aneuploidní buňky, které mají abnormální počet chromozomů, jsou snadněji produkovány v meiózách zahrnujících tři nebo více sad chromozomů než v diploidních buňkách. Autopolyploids mají potenciál tvořit více opatření homologních chromozomů v meiotické metafáze I (Obrázek 2), což může mít za následek abnormální segregace vzory, jako je 3:1 nebo 2:1 plus jeden opozdilec., (Loudala chromozomy ne nasaďte správně na vřeteno přístroje, a tak náhodně oddělit dceřiné buňky.) Tyto abnormální segregační vzorce nelze vyřešit do vyvážených produktů a náhodná segregace více typů chromozomů produkuje většinou aneuploidní gamety (obrázek 3). Chromozomální párování v meióze I, je více omezen v allopolyploids než v autopolyploids, ale stabilní udržovací ze dvou rodičovských chromozomálních doplňuje také vyžaduje vytvoření vyvážené gamet.
Další nevýhodou polyploidie jsou potenciální změny genové exprese., Obecně se předpokládá, že zvýšení počtu kopií všech chromozomů by ovlivnilo všechny geny stejně a mělo by vést k jednotnému zvýšení genové exprese. Možné výjimky by zahrnovaly geny, které reagují na regulační faktory, které se nemění úměrně s ploidií. Nyní máme experimentální důkazy pro takové výjimky v několika systémech. V jednom zajímavém příkladu vyšetřovatelé porovnali hladiny mRNA na genom pro 18 genů v kukuřici 1X, 2X, 3X a 4x., Zatímco exprese většiny genů se zvýšila s ploidií, některé geny vykazovaly neočekávané odchylky od očekávaných úrovní exprese. Například sacharóza syntáza vykazovala očekávanou proporcionální expresi v tkáních 2x a 4X, ale její exprese byla třikrát a šestkrát vyšší, respektive v tkáních 1x a 3X. Dva další geny vykazovaly podobné, i když méně extrémní trendy. Celkem asi 10% těchto genů prokázalo citlivost na liché ploidy (Guo et al., 1996).
epigenetická nestabilita může představovat další výzvu pro polyploidy., Epigenetika se týká změn fenotypu a genové exprese, které nejsou způsobeny změnami sekvence DNA. Podle hypotézy genomického šoku mohou poruchy v genomu, jako je polyploidizace, vést k rozsáhlým změnám epigenetické regulace. Ačkoli existuje jen málo případů dokumentované epigenetické nestability v autopolyploidech, existuje několik zajímavých příkladů, které stojí za zmínku. V jednom případě došlo u tetraploidů Arabidopsis thaliana k umlčování transgenů častěji než u a., thaliana diploids, což naznačuje účinek ploidie na remodelaci chromozomů (Mittelsten Scheid et al., 1996). Při pozorování tohoto jevu však nelze vyloučit několik faktorů, včetně duplikace silného promotoru 35s z viru mozaiky květáku v transgenu. V jiném případě byla u autopolyploidů pozorována aktivace transposonu DNA rodiny Spm/kaktusů. Bohužel obecnost této změny nemohla být určena, protože nebylo zkoumáno více nezávislých autopolyploidů.,
naopak u alopolyploidů jsou k dispozici rozsáhlé důkazy pro epigenetickou remodelaci. Strukturální genomické změny, jako je metylace DNA, a vyjádření změny jsou hlášeny doprovázet přechod na alloploidy v několika rostlinných systémů, včetně Arabidopsis a pšenice (Protřepat et al., 2001). Nejpodrobnější informace jsou k dispozici pro modelový systém Arabidopsis. Například, v kříži A. thaliana a a. arenosa, epigenetically regulované geny byly identifikovány porovnáním přepisy z autotetraploid rodiče, aby se přepisy z neoallopolyploid potomstvo. A., thaliana geny ovlivněny epigenetické regulace byly definovány jako ty, které reagovalo na přechod z autopolyploidy, aby allopolyploidy. Celkem bylo odhadováno, že mezi 2% a 2, 5% genů a.thaliana prošlo regulačními změnami během přechodu na alopolyploidii. Podrobnější microarray studie, která zkoumala nařízení 26.000 genů v Arabidopsis neoallopolyploids zjistil transcriptome divergence mezi praotci více než 15%, v důsledku geny, které byly vysoce vyjádřenou v A. thaliana, a ne v. A. arenosa, nebo naopak., Výrazně, vyjádření přibližně 5% genů lišily od poloviny rodič hodnoty ve dvou nezávisle odvozen allotetraploids, v souladu s nonadditive gene nařízení po hybridizace (Wang et al., 2006). Dohromady tyto výsledky naznačují, že nestabilita syndrom neoallopolyploids může připsat především regulační rozdíly mezi rodičovské druhy, což vede ke genomické nekompatibility v allopolyploid potomky.,
Aneuploidie může být také faktorem v epigenetické remodelace v neoallopolyploids, a to buď tím, že změní dávkování z faktorů, které jsou kódovány pomocí chromozomů, které mají větší nebo menší než očekávaný počet kopií, což vede ke změnám ve potiskem loci, nebo tím, že vystaví nepárové chromatinu regionů epigenetické mechanismy remodelace. V druhém případě byla tato náchylnost meioticky nepárované DNA k umlčení poprvé hlášena u houby Neurospora crassa, ale zdá se, že se jedná o obecný jev., Proto některé z epigenetické nestability, která je pozorována u alopolyploidů, mohou vyplynout z aneuploidy.